Program Studi Magister Manajemen Pendidikan didirikan sebagai bagian dari Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Pattimura, Kota Ambon. Sejak berdirinya tahun 2014, program studi ini berkomitmen untuk menghasilkan lulusan yang kompeten di bidang manajemen pendidikan, baik sebagai praktisi, akademisi, maupun peneliti yang mampu berkontribusi dalam pengembangan pendidikan di Indonesia, khususnya di kawasan timur Indonesia.
Program Studi Magister Manajemen Pendidikan Universitas Pattimura telah memperoleh status akreditasi B berdasarkan Keputusan BAN-PT No. 2888/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2018 yang berlaku sejak 23 Oktober 2018 hingga 23 Oktober 2023. Selanjutnya, pada tahun 2024, program studi ini kembali memperoleh pengakuan akreditasi dengan peringkat BAIK SEKALI berdasarkan Keputusan LAMDIK No. 1713/SK/LAMDIK/Ak/M/X/2024 yang berlaku dari 19 Agustus 2024 hingga 18 Agustus 2029.
Selama perjalanannya, Program Studi Magister Manajemen Pendidikan telah menghasilkan lulusan yang mampu mengaplikasikan ilmu manajemen pendidikan dalam berbagai institusi pendidikan, serta aktif dalam pengembangan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Program ini juga senantiasa melakukan pembaruan kurikulum dan peningkatan kualitas dosen guna menjawab tantangan dan kebutuhan dunia pendidikan yang terus berkembang.